Zunächst war das vordringliche Ziel von APEI in der Ixil-Region schrittweise ein Grundschulsystem aufzubauen, das aber nach und nach und auf Dauer in staatliche Verantwortung übergehen sollte. Seit 1994 hat APEI in 48 Dörfern Grundschulen aufgebaut, von denen die letzte 2023 ins staatliche Schulsystem übernommen worden ist.
In 18 Dörfern hat APEI neue, massive Schulgebäude gebaut.

Für den Unterricht hat APEI immer nur einheimische ausgebildete Lehrer eingestellt, die auch die Maya-Sprache der Kinder sprachen. Voraussetzung für jedes Schulprojekt war, dass die Eltern, die ja fast alle Analphabeten waren, von sich aus für ihre Kinder Unterricht wünschten und mit den Lehrern gut zusammenarbeiteten. Beim Bau von Schulgebäuden mußten die Eltern sich verpflichten, tatkräftig mitzuarbeiten.

APEI legt Wert darauf, die indigene Maya-Kultur zu erhalten und fördert bewußt auch Mädchen, deren Ausbildung früher nicht als so wichtig angesehen wurden.