Besonders in den späten 70er und frühen 80er Jahren des 20. Jahrhunderts wurden viele Indianer Opfer der Kämpfe zwischen Guerilla und Militär. Hunderte von Dörfern wurden dem Erdboden gleichgemacht. Tausende von unschuldigen Indianern wurden getötet, Zehntausende wurden zu Flüchtlingen.

Als APEI 1994 mit seiner Arbeit begann, war der Bürgerkrieg noch nicht beendet. Die meisten der kleinen Dörfer in der Ixil-Region waren zerstört, es begann allmählich die Rückkehr der geflüchteten Überlebenden und der Wiederaufbau der Dörfer.

In dieser Situation war für APEI der Aufbau eines Grundschulsystems die wichtigste Aufgabe: Langsame Verbesserung der Lebenssituation der Menschen durch Bildung.